九十九學年度起本系由【課程設計與潛能開發學系、國民教育研究所、課程與教學研究所、教育研究所、多元文化教育研究所、科學教育研究所】整併為一個學術單位，整併後內含大學部學士班一班，研究所有碩士班四班（教育碩士班、教育碩士在職專班、多元文化教育碩士班、科學教育碩士班），及博士班三班（教育博士班、多元文化教育博士班、科學教育博士班）。一〇五年八月更名為『教育與潛能開發學系』。一一三年八月本系之「多元文化教育碩、博班」停招（同時新設於花師教育學院「多元文化教育碩、博班」）。